Το Ίδρυμα διοικείται από δεκαπενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο. Τα αρχικά μέλη του Δ.Σ., τα οποία καθόρισε το 1975 ο Αριστοτέλης Ωνάσης στη διαθήκη του ως ισόβια μέλη, ήταν έμπιστα στελέχη και επιχειρηματικοί συνεργάτες του. Ανάμεσα τους ήταν οι Νίκος Κοκκίνης, Μιχάλης Δολόγλου, Στέλιος Παπαδημητρίου, Παύλος Ιωαννίδης, Απόστολος Ζαμπέλας, Creon Brown, κ.ά. Σε αυτούς, προστέθηκαν με την πάροδο του χρόνου άλλα σημαντικά στελέχη των επιχειρήσεων του Ωνάση, όπως ο Θεόδωρος Γαβριηλίδης
Πρώτη Πρόεδρος του Ιδρύματος ήταν η Χριστίνα Ωνάση, μέχρι τον θάνατό της το 1988. Την διαδέχθηκε ο Στέλιος Παπαδημητρίου, έμπιστος δικηγόρος του Αριστοτέλη Ωνάση, εκτελεστής της διαθήκης του και επικεφαλής των ναυτιλιακών επιχειρήσεών του. Ο Στέλιος Παπαδημητρίου απεβίωσε το 2005.
Τον διαδέχτηκε ο γιος του Αντώνης Σ. Παπαδημητρίου, ο οποίος είναι ο πρόεδρος του Δ.Σ. μέχρι σήμερα.

Δημόσιο Ανώτατο Εκπαιδευτικό Ίδρυμα της Ελλάδας με έδρα τη Θεσσαλονίκη. Ιδρύθηκε το 2005 (Ν. 3391/2005) και αναδιαρθρώθηκε το 2019 (Ν. 4610/2019) με τη συγχώνευση των Α.Τ.Ε.Ι. Θεσσαλονίκης, Κεντρικής Μακεδονίας και Ανατολικής Μακεδονίας & Θράκης.